La creación de una Asociación de Funcionarios, era el viejo anhelo de los trabajadores del FOSIS, y no fue hasta fines del año 1999, cuando en una reunión amplia de los trabajadores en calle Antonio Varas, se propuso como acción concreta, crear una organización de los Trabajadores, como una forma real y efectiva de participación y diálogo con las nuevas autoridades que gobernarían el país. En los meses siguientes, un grupo de funcionarios forman equipo de trabajo para elaborar los estatutos de la Asociación: Patricio Barriga, Oscar Soto, Ramón Gutiérrez, José Oda, Fidias López, Juan Luis Salgado En Octubre del año 2000, se efectuaron gestiones ante la Inspección del Trabajo de Santiago para constituir legalmente una Asociación de Funcionarios en el FOSIS, dándose a conocer a los funcionarios las instrucciones para realizar una Asamblea de Constitución, elegir Directiva, aprobación de Estatutos, efectuar gestiones en la Inspección del Trabajo y convocar al personal de Planta y Contrata para que concurriera a constituirla, estas labores fueron realizadas y coordinadas por Fidias López. El día 19 de Octubre del año 2000, se efectuó la Asamblea en el piso 11 de Ahumada 48, Casino de MIDEPLAN, ante un Inspector del Trabajo de Santiago representado por la Sra. María Teresa Madariaga Valenzuela; en esta asamblea deberían suscribir el Acta de Constitución un mínimo de 25 personas, pero lamentablemente asistió un número aproximado de 15 funcionarios coartándose la posibilidad de constituirla. El fracaso de esta convocatoria se debió principalmente a que la mayoría del personal del FOSIS Central y Región Metropolitana tenía contrato a Honorarios y los funcionarios de Planta y Contrata que no tenían cargos de jefatura no eran suficientes para constituirla. Durante los primeros meses del año 2001, el grueso del personal a Honorarios pasa a la calidad jurídica de Contrata, lo que permite aumentar considerablemente el número de personas que eventualmente podría crear una Asociación de Funcionarios. Ante esta perspectiva, se crea una Comisión Organizadora, encargada de reformular los estatutos anteriores en función de la nueva realidad que vivía la institución, la que estuvo conformada por: Jorge Martínez, Eduardo Casanova, Fidias López, Ramón Gutiérrez, José Oda, Sergio Vera, Juan Luis Salgado, Oscar Soto y Felipe Vargas.
Confeccionados los estatutos y presentados a la Inspección del Trabajo, se convocó a los trabajadores del FOSIS para elegir Directiva y aprobar los Estatutos de la Asociación, para el día 19 de Junio del año 2001, en Ahumada 48 Piso 9 de 13:30 a 15:30 hrs.día 19 de Junio del año 2001, en Ahumada 48 Piso 9 de 13:30 a 15:30 hrs.
Sufragaron un total de 89 funcionarios y los que obtuvieron las tres primeras mayorías conformaron la Primera Directiva Nacional, con la siguiente distribución de cargos por un período de dos años, esto es, del 2001 al 2003:
- Presidente : Héctor Gálvez Hidalgo
- Secretario : José Oda Camplá
- Tesorero : Fidias López Valenzuela
Posteriormente, se efectúan elecciones en varias las Direcciones Regionales de FOSIS, para elegir los primeros/as Dirigentes/as Regionales de la Asociación, siendo elegidos/as los siguientes:
- Gian Carlo Claros, II Región de Antofagasta;
- Jovana Opazo, III Región de Atacama
- Luis Celis Beltrán, IV Región de Coquimbo;
- Fredy Arenas, V Región de Valparaíso;
- Francisco Rojas, VI Región de Rancagua;
- Lina Contreras, VII Región del Maule;
- Octavio Leal, XI Región de Aisén;
- Andrea González, XII Región de Magallanes y de la Antártica Chilena;
- Paz Lagos, Región Metropolitana de Santiago.
A partir de las elecciones nacionales de la ANFFOS del año 2003, se procede a elegir 5 dirigentes como miembros del Directorio Nacional, ya que la asociación sobrepasa los 250 afiliados/as.